Mayotte fait partie d’un regroupement d’îles appelées les Comores situées dans le canal du Mozambique, entre la côte-est africaine et Madagascar dans l’océan Indien. Les premiers peuplements des Comores dateraient de deux millénaires. Les îles se trouvent dans les passages commerçants entre Madagascar et l’Afrique.
Des peuplements d’origines africaine, indonésienne, malgache puis perse s’y établissent. À partir du 8ème siècle, les îles sont dirigées par des sultans s’imposant à la population locale avant l’arrivée des colonisateurs français. Les îles des Comores n’ont jamais été unifiées avant l’arrivée du pouvoir colonial français. Mayotte fut occupée par la France dès 1843, elle servit de base à la conquête de Madagascar. Les autres îles de l’archipel, la Grande-Comore, Mohéli et Anjouan, furent annexées entre 1886 et 1896. La population était férocement exploitée dans des plantations.
L’impérialisme français a toujours cultivé la division entre Mayotte et les trois autres îles. D’abord en accordant certains privilèges à une minorité à Mayotte, par rapport aux trois autres îles. C’est le gouverneur de Mayotte qui dirigeait aussi ces dernières en cultivant les inégalités avec Mayotte. En 1961, en pleine vague de décolonisation l’État français concéda à la petite bourgeoisie des Comores une large autonomie interne pour préparer l’indépendance. En 1966, la capitale administrative de l’archipel fut transférée de Dzaoudzi (Mayotte) à Moroni (Grande Comore), bouleversant du jour au lendemain le fonctionnement administratif à Mayotte. La France s’appuyait aussi sur des réseaux d’extrême-droite organisant dans l’île la lutte pour « Mayotte française » contre les indépendantistes locaux.
En 1974 alors que 99 % des Grands Comoriens, des Anjouanais et des Mohéliens votèrent pour l’indépendance, à Mayotte 65 % des électeurs votèrent contre. La France ne considère pas le vote pour l’ensemble des Comores. En 1975, elle reconnaît l’indépendance des Comores et en même temps l’État français organisa, en opposition avec tous les organismes internationaux, un deuxième référendum lui permettant de justifier la séparation de Mayotte des trois autres îles.
Depuis l’indépendance, la situation politique aux Comores a toujours été très instable. Les Comoriens ont dû subir vingt-trois coups d’État ou tentatives de coup d’État. La population manque de toutes les infrastructures comme l’éducation ou la santé. L’héritage colonial, la corruption perpétuent la misère faisant de l’État des Comores l’un des plus pauvres dans le monde. Mayotte peut donc apparaître pour les Comoriens pauvres, comme un eldorado. L’État français en 1995 a transformé du jour au lendemain les Comoriens en « étrangers » en instaurant un visa pour entrer à Mayotte, mettant fin à la libre circulation qui existait y compris après 1974. Depuis, des milliers de Comoriens chaque année risquent leur vie en mer pour rejoindre la côte Mahoraise.