En 1802, Toussaint Louverture fut pris dans un guet-apens en Haïti, et emmené de force en France. Il fut traité comme un chien, n’eut aucun droit, aucun jugement. En France, il fut séparé de sa famille, enfermé dans une cellule glacée du Fort-de-Joux (dans le Doubs), ne fut pas soigné, ce jusqu’à sa mort le 7 avril 1803. Enfermé il écrivit de nombreuses lettres à Napoléon, restées sans réponse. Déjà, pendant la révolution haïtienne, Toussait avait écrit cette lettre célèbre à Bonaparte : « lettre du premier des Noirs, au premier des Blancs ». Cette lettre resta sans réponse.
Toussaint avait toujours voulu que Saint Domingue soit une province autonome de la France en liaison avec le gouvernement français mais autonome et sans esclaves. Ce que Bonaparte refusa toujours associant à ce refus un profond mépris raciste. À la fin de sa vie, prisonnier des Anglais à Ste Hélène, Napoléon reconnut avoir commis une erreur politique sur Saint-Domingue.